Docteraatsverdediging van Rudy Pelicaen vindt op 6 juli 2020 plaats

Het cacaoboonfermentatieproces is een essentieel proces dat nodig is om gefermenteerde cacaobonen te bekomen voor de productie van cacao-afgeleide producten, waaronder chocolade. Alhoewel dit proces een groot economisch belang heeft, is het cacaoboonfermentatieproces tot op heden een spontaan fermentatieproces. Het is hierbij volledig afhankelijk van de variërende omgevingscondities en –microbiota. Om meer controle te verkrijgen over deze laatste, is het gebruik van functionele starterculturen aangewezen. In deze doctoraatsstudie werden genoomwijde metabole modellen (GEMs) voor kandidaat-functionele starterculturen ontwikkeld en gebruikt om meer inzichten te verkrijgen in hun metabolisme.

De ontwikkeling van een GEM voor de azijnzuurbacterie Acetobacter pasteurianus 386B toonde het gebrek aan kennis aan om het metabolisme van deze stam in detail te beschrijven. Door middel van simulaties konden evenwel inzichten verkregen worden in de metabole karakteristieken van deze stam onder cacaoboonfermentatiecondities.
Reconstructie van het metabolisme van een micro-organisme gebaseerd op de genoomsequentie is een computationeel proces dat fouten met zich meebrengt die vervolgens manueel gecureerd moeten worden door een expert. De ontwikkeling van GEMs voor Acetobacter ghanensis LMG 23848T en Acetobacter senegalensis 108B met inbegrip van experimentele validatie toonde aan dat dit proces evenwel computationeel versneld kan worden mits de nodige biologische informatie beschikbaar is. De resulterende GEMs toonden een grotere metabole diversiteit dan tot nu toe aangenomen werd en benadrukten het belang van de koppeling tussen genomische informatie en de Acetobacter-soortbeschrijvingen.

Titel van het proefschrift:
Genoomwijde metabole modellering van kandidaat-functionele starterculturen voor cacaoboonfermentatie


De groei van bacteriële culturen is een dynamisch proces. Dynamische fluxbalansanalyse is een computationele simulatietechniek waarmee inzichten werden verkregen in de mogelijke intracellulaire metabole fluxdistributies van A. pasteurianus 386B en A. ghanensis LMG 23848T, dewelke aan de basis liggen van hun microbiële dynamica onder cacaoboonfermentatiecondities. Deze analyse wees op een verschil in de metabole strategie van deze stammen om groei te bewerkstelligen onder cacaoboonfermentatiecondities.
Tenslotte wees de ontwikkeling van GEMs voor de melkzuurbacteriën Lactobacillus fermentum 222 en Lactobacillus plantarum 80 en de daaropvolgende simulaties op het mogelijke gebruik van ongedefinieerde substraten in een rijk groeimedium, dewelke de gevonden microbiële dynamica onder cacaoboonfermentatiecondities zou kunnen verklaren.
Deze doctoraatsstudie demonstreerde hoe in silico analyse op basis van gesequeneerde bacteriële genomen en computationele simulaties met metabole modellen gebruikt kunnen worden om biologisch inzicht te verkrijgen in het metabolisme van deze bacteriën.

Docteraatsverdediging van Rudy Pelicaen vindt op 6 juli 2020 plaats

Over Rudy Pelicaen

Rudy Pelicaen werd geboren op 2 april 1990 te Etterbeek (België). In 2013 studeerde hij af aan de Vrije Universiteit Brussel (VUB) en behaalde een MSc. in de Bio-ingenieurswetenschappen. Hij behaalde een MSc. in Bioinformatica en Modelleren in 2014 aan de Université libre de Bruxelles (ULB). In november 2014 startte hij zijn doctoraatsonderzoek aan de onderzoeksgroep Industriële Microbiologie en Voedings-biotechnologie (IMDO) van de VUB, onder promotorschap van Prof. Dr. Stefan Weckx, en in de Unité de Chronobiologie Théorique van de ULB, onder promotorschap van Prof. Dr. Didier Gonze, dit eerst met de financiële steun van de VUB in het kader van het Interuniversity Institute of Bioinformatics in Brussels en vanaf januari 2016 met een aspirantsbeurs strategisch basisonderzoek van het FWO-Vlaanderen. Rudy Pelicaen is co-auteur van twee artikels gepubliceerd in peer-reviewed internationale tijdschriften. Van één van deze is hij eerste auteur. Hij gaf in totaal vier voordrachten op nationale en internationale congressen en symposia.

This post is also available in: nlNederlands

Geef als eerste een reactie

Geef een reactie

Uw e-mailadres wordt niet gepubliceerd.


*